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Mathurin, doctor en Ciencias Económicas, alto funcionario e ingeniero general de puentes, aguas y bosques de categoría extraordinaria, comenzó su carrera como investigador júnior en el Instituto Nacional de Investigación Agronómica, donde permaneció de 1992 a 1997.

Después de trabajar como responsable de estudios en la Dirección de Asuntos Financieros y Económicos del Ministerio de Agricultura y Pesca (1997-1999) y jefe de la Oficina de Orientación Económica y Medioambiental para Empresas de la Dirección de Políticas Económicas e Internacionales de ese mismo ministerio (1999-2001), asumió la jefatura del Servicio Regional de Protección de la Flora en la Dirección Regional de Agricultura y Bosques de Ródano-Alpes entre 2001 y 2005.

Su trayectoria continuó como subdirector de calidad y protección de la flora en la Dirección General de Alimentación del Ministerio de Agricultura, Alimentación, Pesca y Medio Rural (2005-2008), subprefecto de Roanne (2008-2012) y secretario general de la prefectura de Doubs (2012-2014).

Fue prefecto delegado para la igualdad de oportunidades en Essonne entre octubre de 2014 y noviembre de 2016, para pasar después por los puestos de prefecto de la Nièvre (2016-2018), de Doubs (2018-2021) y de Morbihan (2021-2022).

De julio de 2022 a julio de 2023, se encargó de la dirección del gabinete de Jean-François Carenco, viceministro de Ultramar, así como de la dirección adjunta del gabinete de Gérald Darmanin, ministro del Interior y de Ultramar. Desde septiembre de 2023, Mathurin era prefecto de Puy-de-Dôme.

Joël Mathurin es caballero de la Legión de Honor y de la Orden Nacional del Mérito, ha sido distinguido como funcionario de mérito en el ámbito agrícola y ha recibido una medalla de honor por su compromiso con los territorios de ultramar.